算法工具-药物发现加速器
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3D 相似性搜索

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通过计算待查询分子与模版分子之间的相似性得分,快速筛选出符合需求的相似分子。

分类 : 常用小工具

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3D相似性搜索是一种基于分子三维空间结构的计算方法,旨在识别与目标分子在形状、药效团分布或物理化学场等方面具有高度相似性的化合物。本工具通过计算待查询分子与模版分子之间的相似性得分,快速筛选出符合用户需求的相似分子。
产品功能:(1)计算模版分子与待查询分子之间的相似性得分。(2)基于目标分子结构,在化合物库(DrugBank、Specs、Chemdiv)中进行高效的相似性匹配与检索。(3)可进行基于模版分子、待查询分子以及结合模版分子和待查询分子的打分方法进行相似性打分。
输入:模版分子(仅限1个小分子),待查询分子(smi、sdf、mol2)或化合物库。
输出:输出相似性打分结果排名前1000的结果。
提供DrugBank,Specs和Chemdiv化合物库可选择:DrugBank库包含3110个已知药物分子,Specs库包括约20万个小分子,Chemdiv库包含160万个小分子。若用户有其他感兴趣化合物库可联系我们进行定制(info@pumeirui.com)。
如果选择“上传待查询分子” ,不消耗点数;
选择不同的化合物库需要消耗不同的点数和时间:
DrugBank:500点,耗时约半小时左右;
Specs:3000点,耗时约2小时左右;
Chemdiv:6000点,耗时约4小时左右。


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