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PROTAC三元体结构预测与linker设计

146 人使用过此工具

预测靶蛋白(POI)、E3连接酶、PROTAC三元体复合物三维结构,评估不同长度linker片段形成PROTAC分子的合理性。

分类 : PROTAC

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PROTAC分子可以同时结合靶蛋白与E3连接酶,在空间上拉近两者之间的距离,从而引起靶蛋白在细胞内的降解。PROTAC分子通常由三部分组成:结合靶蛋白的小分子,又称弹头分子(warhead);结合E3连接酶的小分子配体(E3 ligand),以及连接两个分子的linker片段。Linker片段的设计是决定PROTAC分子降解效果的关键因素之一。这里我们提供了在线的linker设计工具,可以帮助用户评估不同长度的烷基或PEG2-30个原子)片段对三元体复合物形成的影响。用户上传靶蛋白与弹头分子复合物结构,以及E3连接酶与小分子配体的复合物结构,工具自动评估不同的linker片段并生成相应的靶标蛋白-PROTAC-泛素连接酶三元复合物三维结构。该工具从空间结构、能量状态、化学可合成性等角度全面考虑PROTAC分子的合理性,从计算上评估PROTAC分子对三元复合物形成的影响,最终推荐优化的PROTAC分子结构。


输入:POI与片段分子复合物结构,或E3连接酶与配体片段的复合物结构,选定linker类型(烷基链或PEG链);

输出:不同长度linker装配获得的三元体复合物结构,构象数及能量评分列表等。


POI弹头片段分子复合物结构,或E3连接酶与配体片段的复合物结构可从PDB库(https://www.rcsb.org/)检索并下载获得,也可以从蛋白-小分子对接工具获得。若需要构建结构或设计不同于烷基链与PEG链的linker,可联系我们进行定制化人工服务(info@pumeirui.com)。


每次PROTAC预测运算耗费1000点数。时间周期12小时左右。


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